在不同的分类系统中，樟科的系统位置差别不大。在A. L. Takhtajan（1980）系统中，樟科隶属木兰植物门（Divisionmagnoliophyta），木兰植物纲（Classmagnoliopsida），木兰亚纲（Subclassmagnoliidae），木兰超目（Superordermagnolianae），樟目（Order Laurales），樟亚目（Suborder Laurineae）。在吴征镒建立的被子植物八纲系统（2003）中，樟科隶属樟纲（Class Lauropsida），樟亚纲（Subclass Lauridae），樟目（Order Laurales）。在张宏达种子植物分类系统（2004）中，樟科隶属于有花植物亚门（Subdivision VI. anthophytina），后生有花植物（Metanthophytina），双子叶植物纲（Class Dicotyledonopsida），多心皮亚纲（Subclass IV. Polycarpiidae），樟目（Order Laurales）。

樟科的分类，在林奈（Carl von Linné, 1753）时期，只有月桂属和无根藤属2个属。A. J. 科斯特曼斯（1957）在前人基础上，把樟科分成2个亚科：樟亚科（Lauroideae，有正常叶的乔、灌木）和无根藤亚科（Cassythoideae，无正常叶的寄生藤本）。后一亚科仅有无根藤属（中国亦产）1属。

樟亚科：分为鳄梨族（Perseeaemez）、樟族（Cinnamomeae）、木姜子族（Litseaemez）、厚壳桂族（Cryptocaryeae）、下位樟族（Hypodaphneae）5个族。前4个族均按药室数目分为两个亚族。

鳄梨族：花序圆锥状，无总苞；果无果托。分为鳄梨亚族（Perseineae）和琼楠亚族（Beilschmiediineae）。其中，鳄梨亚族主要包括鳄梨属（Perseamill）、润楠属（Machilus）、油丹属（Alseodaphne）、赛楠属（Nothaphoebe）、檬果樟属（Caryodaphnopsisairy）、楠属（Phoebe）等；琼楠亚族主要包括莲桂属（Deehasia）、琼楠属（Beilschmiedia）、土楠属（Endiandra）、油果樟属（Syndiclis）等。

樟族：花序圆锥状，无总苞；果实基部陷入一果托中。分为两个亚族，其中樟亚族（Cinnamomineae）主要包括樟属（Cinnamomum）、新樟属（Neocinnamomum）、檫木属（Sassafras）等。

木姜子族：伞形花序下承以交互对生大而宿存的苞片所组成的总苞；果实或多或少陷入一果托中。分为木姜子亚族（Litseineae）、月桂亚族（Lauriineae）。其中，木姜子亚族主要包括黄肉楠属（Actinodaphne）、木姜子属（Litsea）、新木姜子属（Neolitseamerr）等；月桂亚族主要包括山胡椒属（Lindera）、月桂属（Laurus）等。

厚壳桂族：花序圆锥状，无总苞；子房上位；果实完全包藏在增大的花被筒中。分为两个亚族，其中厚壳桂亚族（Cryptocaryineae）主要包括厚壳桂属（Cryptocarya）等。

下位樟族：花序圆锥状，无总苞；子房下位。

无根藤亚科：只有无根藤属（Cassytha）1属。